El desarrollo de la investigación científica es parte de la misión institucional del CEMIC. Desde su inicio, ha realizado importantes aportes a la comunidad, a través de la investigación de la enfermedad de Chagas-Mazza, de la Fiebre Hemorrágica Argentina o “mal de los rastrojos”, estudios en inmunología de enfermedades reumáticas y enfermedades renales crónicas y reproducción humana. Estas líneas se diversificaron, paulatinamente, en decenas de otras, en las áreas de investigación clínica, básica y experimental. En los últimos años, se han intensificado las investigaciones clínicas y epidemiológicas en anomalías congénitas, enfermedades infecciosas, factores de riesgo coronario en nuestra comunidad y cuidados intensivos. Dentro de la neurociencia, se investigan, tanto los aspectos básicos como el desarrollo intelectual de los niños provenientes de comunidades desprotegidas de nuestro país, para lo cual puso en marcha un programa de estimulación para revertir el retraso cognitivo de chicos con necesidades básicas insatisfechas (NBI). Se logró normalizar el desempeño cognitivo de estos niños.

Las actividades científicas se llevan a cabo en la propia Institución y cuentan con la colaboración de entidades como la Academia Nacional de Medicina, universidades nacionales y extranjeras, hospitales municipales y provinciales, y con el apoyo del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), la Organización Mundial de la Salud (OMS), la Organización Panamericana de la Salud (OPS), el Instituto Nacional de la Salud de los EE.UU. y fundaciones nacionales y extranjeras.
La Dirección de Investigación del CEMIC es una Unidad Asociada al CONICET.

El Comité de Ética en Investigación del CEMIC, reconocido internacionalmente por el Department of Health & Human Services (Office for Human Research Protections) de los Estados Unidos, ha generado una amplia interacción con investigadores y directores de importantes proyectos en Latinoamérica.

En 1998, el CEMIC recibió el Premio Konex de Platino como entidad de Investigación Científica y Tecnológica.

Resumen de la producción científica desarrollada en los últimos 20 años (1990-2010):