La docencia es uno de los pilares que sostiene la alta calidad de atención médica que brinda el CEMIC. Por ello, desde su creación, asumió el compromiso formal con la educación universitaria, asociándose a la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires, UBA, para enseñar a los alumnos de la Carrera de Medicina.

A fines de 1997, y gracias a la labor desarrollada a partir de esta asociación, el CEMIC obtuvo el reconocimiento oficial para crear el IUC. En el se desarrollan las carreras de Medicina, Licenciatura en Enfermería, Citotecnología, trece carreras de especialización y tres residencias universitarias que tienen como base las residencias históricas. Los títulos que se otorgan tienen validez nacional.

La relación del CEMIC con la Facultad de Medicina de la UBA se remonta a 1958. A partir de ese año, los alumnos de la carrera de Medicina cursaban, en el CEMIC, la asignatura Clínica Médica en la cátedra del profesor Dr. Norberto Quirno.

Luego, en 1972, se creó la Unidad Docente Hospitalaria, que comprendía 4.º, 5.º y 6.º año de la carrera de Medicina. Con la autorización de la Facultad, CEMIC introdujo innovaciones curriculares trascendentes como la dedicación a tiempo completo de los estudiantes y el Internado Rotatorio en 6º año.

En 1992, la UBA designó al CEMIC Hospital Asociado. Por ello recibió hasta 1998 15 alumnos por año del Plan B para cursar en forma gratuita los seis años de la carrera de medicina.

A partir de 1998 habiéndose puesto en funcionamiento el IUC, la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU), acreditó las 6 carreras de especialización que se dictaban y que tienen como base las residencias médicas. En la actualidad las trece carreras de especialización que se dictan bajo esa modalidad, cuentan con la acreditación correspondiente de la CONEAU.

La carrera de medicina, que comenzó a funcionar en 1999, fue acreditada por la CONEAU en 2001, 2005 y 2010. En el 2006 fue también acreditada por el MERCOSUR Educativo, constituyéndose así en una de las tres carreras de medicina de la República Argentina que cuentan con esta acreditación.

En 2002 se creó la Unidad Académica Instituto de Investigaciones, en 2003 se incorporó la carrera de Citotecnología de dos años de duración que tiene como antecedente el curso de Citotecnología que el CEMIC dictó durante más de veinte años con el apoyo de DAFACC y del gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y en 2009 se comenzó a dictar la Licenciatura en Enfermería.